Enstitümüz, 29 Mayıs 2007 tarihli Resmi Gazetede yayınlanan 5662 Sayılı “Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanununda ve Yükseköğretim Kurumları Öğretim Elemanlarının Kadroları Hakkında Kanun Hükmünde Kararname ile Genel Kadro ve Usulü Hakkında Kanun Hükmünde Kararnameye Ekli Cetvellerde Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun” ile kurulan Çankırı Karatekin Üniversitesi ile birlikte kurulmuştur.

Enstitümüzde ilk olarak Kimya ve Orman Mühendisliği Anabilim Dallarında lisansüstü eğitim-öğretim faaliyeti 2008 yılında başlamıştır. Halen Fen, Mühendislik ve Orman Mühendisliği Fakültelerinin katkıları ile 14 anabilim dalında, 17 Tezli Yüksek Lisans ve 6 Doktora programı yürütülmektedir. Bu programların içinde Tarım ve Yaşam Bilimleri ve Yaban Hayatı Anabilim dalları Tezli Yüksek Lisans programları disiplinlerarası olarak devam etmektedir. Kimya, Matematik ve Orman Mühendisliği Anabilim Dallarında Türkçe Tezli Yüksek Lisans Programlarına ilave olarak İngilizce Tezli Yüksek Lisans Programları da mevcuttur. Günden güne büyümekte olan enstitümüz, çoğunluğu uluslararası olan toplam 1600’ü aşkın öğrenci sayısıyla faaliyetlerine devam etmektedir.

Çankırı Karatekin Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, alanlarında bilimsel ve teknolojik gelişmelere katkı sağlayacak ve yön verecek profesyonelleri yetiştirmeyi amaç edinmiştir. Enstitümüz güçlü kadrosuyla her geçen gün daha iyi ve daha nitelikli çalışmalara imza atmayı amaç edinerek kararlı bir şekilde yoluna devam etmektedir.